Belegt ist die Existenz der Capoeira bis ins 18. Jahrhundert. Die Literatur geht davon aus, dass sie in Brasilien aus einer Vermischung verschiedenster afrikanischer Tänze und Kulte entstand. Auch in anderen Regionen, in welche afrikanische Sklaven verschleppt wurden, entstanden dem Capoeira ähnliche Kampfkünste, wie dem Maní auf Kuba.
Weitere Legenden ranken sich um die Kämpfe zwischen Sklaven und Sklavenhaltern in den Quilombos – so wird von den Quilombos gesagt, dass sich dort die Capoeira stark weiterentwickelte und dass die Sklaven sie auch im Kampf gegen die (mit Schusswaffen bewaffneten) Sklavenjäger eingesetzt hätten.
Die nächste Entwicklungsphase der Capoeira ist dann auch die erste, bei der sich die Experten über Entstehung und Anwendung einig sind. Die damalige Capoeira ist allerdings nicht mit der heutigen vergleichbar, sondern vielmehr als eine Art Straßenkampftechnik zu begreifen. Capoeiristas taten sich in Banden zusammen, auch Maltas genannt, und beherrschten ganze Straßenviertel. Dabei kämpften sie gegen rivalisierende Maltas und die Obrigkeitskräfte. Diese Form der Capoeira war besonders in den Hafenstädten Rio de Janeiro, Recife und Salvador da Bahia verbreitet, die auch gemeinhin als die Brutstätten der Capoeira angesehen werden. Die Capoeira ist entsprechend eine urbane Erscheinung.
In der Kaiserzeit war die Capoeira zwar nicht explizit verboten, die Capoeiristas wurden dennoch verfolgt und beispielsweise wegen Störung der öffentlichen Ordnung verhaftet. In der Republik (ab 1889) gab es schließlich einen Capoeira-Paragrafen, der die Ausübung der Capoeira mit Verbannung von sechs Monaten bis zwei Jahren bestrafte. Einer der Gründe für diese Behandlung liegt darin, dass die Capoeiristas als Monarchisten angesehen wurden, die aus Dankbarkeit für die Befreiung der Sklaven sich der Krone verpflichtet fühlten. Die Capoeira wurde in dieser Zeit stark in den Untergrund gedrängt und konnte nur noch in Rio de Janeiro, Recife und Salvador da Bahia überleben.
Das Capoeira-Verbot wurde 1937 durch den nationalistischen Diktator Getúlio Vargas aufgehoben, der mit der Capoeira einen nationalen Sport etablieren wollte. Auf diese Idee kam er, nachdem er eine Vorführung von Mestre Bimba sah. Bimba wollte aus Elementen der Straßenkampftechnik Capoeira eine moderne Kampfkunst formen, welche er Luta Regional Baiana nannte. In dieser Form der Capoeira integrierte er Elemente des Batuque und asiatischer Kampfsportarten, um die Effizienz dieser Kampfsportart zu erhöhen. Er unterrichtete sie (noch während des Verbots) an seiner Academia in der bahianischen Hauptstadt Salvador da Bahia – das Verbot war der Hauptgrund dafür, weshalb seine Schule nicht Capoeira im Namen führte. Bimba ersann zum ersten Mal eine systematische Methode, Capoeira zu vermitteln; vorher wurden die Techniken durch Nachahmen erlernt.
Auch heute noch wird die Capoeira hauptsächlich in zwei Formen aufgeteilt: Capoeira Regional und Capoeira Angola. Aktuell ist allerdings ein Trend des sich gegenseitigen Annäherns zu spüren. Dieser Trend wird vor allem durch Mestre Camisa und Mestre Joao Grande getragen und gerne als Capoeira Contemporanea bezeichnet.
Der Film Only the Strong mit Hauptdarsteller Marc Dacascos gibt einen ersten Einblick in die Capoeira. Hier wird hauptsächlich Capoeira Regional gezeigt, die sich durch spektakulärere Bewegungen auszeichnet. Marc Dacascos selbst betreibt seit seiner Kindheit Kung Fu (sein Vater Al Dacascos hat mehrere Kampfsport-Schulen auf der Welt) und hat sich Capoeira speziell für diesen Film mithilfe einiger brasilianischer `Mestres` antrainiert.
